9. yüzyılın başından itibaren Batı’da o zamana dek geliştirilmiş ve halen de gelişmeye devam eden yeni bilimin ve bu bilimi taşıyan kurumsal yapıların aktarılması, Osmanlı’dan Cumhuriyet’e uzanan süreçte diğer alanlarda olduğu gibi yükseköğretim alanında da çok önemli sonuçlar doğurmuştur. İlk olarak askerî ve teknik alanda başlayan, ardından diğer alanlara sirayet eden kurumsal dönüşümler, klasik dönemde yüksek bilgiyi temsil eden medreselerin zamanla işlevini kaybetmesi, nihayet Cumhuriyet’le birlikte kapatılmasıyla neticelenmiştir. Bu süreç, bekleneceği üzere ciddi sorunları da beraberinde getirmiştir. Zira cebir, analitik geometri, kalkülüs, mekanik ve fizik gibi alanlarda bile Batı’daki yeni gelişmelerin 18. yüzyılın başında hatta astronomi gibi kimi alanlarda 17. yüzyılın son çeyreğinde farkına varıldıktan sonra Batı biliminin aktarılıp kurumsallaştırılması, iki yüz yılı aşkın bir zaman almıştır. On dokuzuncu yüzyılın ikinci yarısında Batı tipi üniversite kurma çabaları hız kazanmış, bu amaçla 1869’da irade–i seniyye ile kurulan Dârülfünûn–i Osmanî 1870’te eğitime başlayıp 1873’e kadar üç yıl sürmüş, Cemaleddin Afgânî’nin bir konuşmasında peygamberliği sanat türleri arasında sayması nedeniyle çıkan itiraz ve tartışmalar üzerine kapatılmıştır. Bu kurumun müfredatında edebiyat, hukuk, genel tarih, fizik, coğrafya, matematik, mantık, fransızca, resim dersleri bulunmaktadır. Yine 1874’te bu kez Dârülfünûn–i Sultânî adıyla yeniden Batı tipi bir üniversite kurulmuştur. Edebiyat, hukuk ve mühendislik bölümlerini içeren bu okul da bilindiği kadarıyla 1881 yılına kadar devam edebilmiştir. Nihayet 1900’da Dârülfünûn–i Şâhâne adıyla kelimenin hakiki anlamıyla Batı tipi bir üniversite kurulmuştur. Başlangıçta edebiyat ve felsefe, matematik ve fizik, ilahiyat (Ulûm–i Âliye–i Dîniyye), hukuk ve tıp (son ikisi resmî olarak bağlı değildir, tabii kolları arasında sayılmıştır) olmak üzere beş şubeli modern bir üniversite olarak tasarlanan kurum, İkinci Meşrutiyet’in ilanıyla İstanbul Dârülfünûn adını almış, hukuk ve tıbbı da resmî olarak bünyesine katıp resmî olarak beş şubeli bir üniversiteye dönüşmüştür. 1912’de bir kısım yeni düzenlemeler yapılarak şubelere fakülte adı verilmiş, muallimler de müderris olarak adlandırılmıştır.
